Бактерии делятся на несколько основных классов и групп в зависимости от их формы, строения, способов питания и других характеристик. Некоторые из наиболее распространенных классификаций бактерий включают анаэробные и аэробные бактерии, грамположительные и грамотрицательные бактерии, хемоорганотрофы и хемоаутотрофы, фототрофы и хемоавтотрофы, а также ряд других групп и классов бактерий. Всего насчитывается более 10000 видов бактерий.