Инфузории размножаются в основном путем продольного деления. Этот процесс начинается с разделения ядра на две половины, которые затем перемещаются к противоположным концам клетки. Затем происходит деление цитоплазмы и образование двух отдельных клеток-дочерних клеток.

Некоторые инфузории могут также размножаться половым путем, образуя специализированные яйца и сперматозоиды. Другие виды могут образовывать кисты, которые защищают их от неблагоприятных условий и позволяют им выживать в неблагоприятных условиях.