Строматолиты чаще всего встречаются в мелководных соленых озерах и заливах, а также на границе суши и моря, где условия для их образования наиболее благоприятны. Например, такие места как озеро Сиоту (ЮАР), озеро Хамелин (Австралия), озеро Сенека (США) известны своими строматолитными образованиями.