Сигнальные пептиды, которые часто встречаются в белках, предназначенных для транспорта через клеточные мембраны или в особые органеллы, могут иметь как гидрофобные, так и гидрофильные характеристики, в зависимости от их функции и месторасположения.

В общем случае, сигнальные пептиды обычно содержат гидрофобные аминокислоты, что помогает им взаимодействовать с мембранами. Это важно, поскольку многие из них должны вклиниваться в мембрану во время процесса трансляции и трансмембранного транспорта. Гидрофобные участки помогают пептиду проходить через липидный бислой мембраны.

Однако структуры сигнальных пептидов могут быть разнообразными, и наличие гидрофобных участков не всегда означает, что весь пептид будет гидрофобным. Основная цель сигнального пептида — обеспечить правильную локализацию белка внутри клетки или его секрецию.