Коротко: комбинируйте селекцию среды, антимикробные пробы и метагеномику в последовательном протоколе — каждая методика выявляет разные механизмы (конкуренция за питание/Fe, диффундируемые антибиотики/ВOCs, контакт-зависимые эффекты или ферментативное разрушение). Ниже — что делать и какие выводы можно сделать по результатам.

1) Селекция среды — цель: выявить роль питания, ионного дефицита, pH и физического контакта

Эксперименты:
Сравнить рост в богатой (например, LB/PD) и минимальной среде; варьировать источник углерода (сахар, аминокислоты), азота, железо.Разделённые культуры через мембрану с пором (0{.}2{-}0{.}45\ \mu)m или диализную перегородку (пермеабельно для малых молекул, блокирует клетки).Жидкая и твердая среда; тест на кислотообразование (изменение pH).Интерпретация:
Подавление только в минимальной среде или снимается при добавке углерода/азота → конкурентное потребление конкретного ресурса.Подавление снимается при добавке Fe (например, (50\ \mu)M FeSO(_4)) или выявлена активность в CAS‑тесте → конкуренция за железо / сидерофоры.Подавление сохраняется через мембрану → фактор диффундирует (метаболит, токсины, VОC если в герметичной системе); исчезает → контакт/встраивание/механическое воздействие.Изменение pH в культуре и восстановление роста при подстройке pH → кислотно‑щелочной эффект.

2) Антимикробные пробы — цель: классифицировать ингибитор (малое молекула, белок, VOC), оценить активность и стабильность

Эксперименты:
Спот‑on‑lawn и well‑diffusion с культуральной фильтратой гриба (без клеток).Тест фильтрата после термообработки ((100^\circ)C кратковременно) и после протеазной обработки (протеиназа К) — отличить белок/пептид от термостабильной малой молекулы.Фракционирование по молекулярной массе (мембранная сечение (3), (10), (30) kDa) и тест активности.VOC‑тест (двухкамерные пластины, запечатанные) для летучих веществ.CAS‑реакция на сидерофоры; HPLC‑MS/GC‑MS анализ активных фракций.Кинетика подавления (ростовые кривые), MIC‑подобные измерения для фильтрата/очищенных компонентов.Интерпретация:
Активность фильтрата + термостабильность → малые стабильные метаболиты (похоже на антибиотик).Активность фильтрата чувствительна к протеазе/нагреванию → белок/пептид (например, ферменты, бактериоциды).Активность только в VOC‑тесте → летучие метаболиты (например, 1‑октен‑3‑ол или другие VOC).Снижение активности при добавке железа → сидерофорно‑опосредованный эффект.Идентификация конкретных соединений в HPLC‑MS/GC‑MS даёт прямое подтверждение химического механизма.

3) Метагеномика (и метатранскриптомика) — цель: найти генетический потенциал и доказать экспрессию факторов

Эксперименты:
Шотган‑секвенирование культивируемой пробы/концентрата гриба; сбор метатранскрипта (RNA‑seq) при контакте/без контакта.Поиск BGC (NRPS, PKS, терпеновые синтетазы), генов сидерофорного синтеза, ферментных токсинообразующих генов, белков‑эффекторов/гидролаз.Анализ экспрессии этих генов в условиях подавления (повышенная экспрессия → активная биосинтезная роль).Функциональная метагеномика: клонирование фрагментов ДНК и скрининг на подавление.Интерпретация:
Наличие BGC без экспрессии → потенциал, но не доказательство; требуется индукция/условия.Высокая экспрессия конкретных BGC или сидерофорных генов при взаимодействии → сильное доказательство роли химического фактора.Отсутствие токсиновых генов + данные о контакте → вероятен контакт‑зависимый механизм (напр., механическое подавление, ферментативное разрушение в контакте).Функциональные клоны, дающие ингибицию → прямое подтверждение генно‑функциональной связи.

Рекомендуемая рабочая последовательность (быстро и дешево → детально и молекулярно):

Кокультура с мембраной + тесты фильтрата + VOC‑параллель. (определить контакт vs диффузия vs VOC)Варьирование среды (питание, Fe, pH) и восстановление роста добавками. (определить конкуренцию за ресурсы)Антимикробные пробы с термо/протеазной обработкой и молекулярным фракционированием; химический анализ активных фракций. (идентификация ингибитора)Метагеномика/метатранскриптомика для поиска и подтверждения BGC/генов и, при возможности, целевые мутации/выключения для валидации.

Типичные выводы по результатам (кратко):

Подавление сохраняется через мембрану и активен фильтрат; термостабилен и маломолекулярен → выработка антимикробного метаболита (найти через HPLC‑MS; генетически подкрепить BGC).Подавление снимается добавкой Fe → конкуренция за железо (сидерофоры); CAS‑позитив; метагеномика показывает сидерофорные гены.Подавление снимается добавкой углерода/азота → конкуренция за питательные вещества.Подавление только при прямом контакте, отсутствует в фильтрате → контакт‑зависимый механизм (механическое/ферментативное разрушение); искать гидролазы/эффекторные белки в геноме.Подавление только в герметичной VOC‑системе → летучие ингибирующие соединения; подтвердить GC‑MS и гены VOC‑биосинтеза.

Ограничения: метагеномика показывает потенциал, но нужна экспрессия/функциональная валидация; химический анализ подтверждает молекулу, но генетические эксперименты (нидация/knock‑out) дают окончательное доказательство механизма.

Если нужно — могу предложить конкретные протоколы для каждого шага (объёмы, концентрации, тесты CAS, настройки VOC‑assay, методы HPLC‑MS).