Инфузория-туфелька обычно бесцветна и полупрозрачна; при микроскопии выглядит серовато‑перламутровой. Собственных ярких пигментов у неё почти нет — оттенок может меняться в зависимости от содержимого клетки (зеленоватый при наличии водорослей, слегка розоватый при другом корме и т.д.).