1) Валидация варианта
- Подтвердить методом Сэнгера (исключить артефакт).
2) Аннотация и популяционные данные
- Проверить частоту в базах (gnomAD, dbSNP). Критично низкая MAF, например $<10^{-4}$, поддерживает редкость.
- Поиск в ClinVar/HGMD/LOVD и литературе — известна ли ассоциация с фенотипом.
- Оценить наследование (секвенирование родителей — de novo vs семейная передача).
3) in silico-предсказатели и консервация
- Предикторы структурного/функционального эффекта: REVEL, CADD, PolyPhen-2, SIFT; сплайсинг‑предикторы: SpliceAI.
- Оценить эволюционную консервацию (PhyloP, PhastCons) и локализацию в функциональном домене (пороги, S4 сегмент, P‑петля и т.д.).
- Моделирование структуры/взаимодействий (AlphaFold, при необходимости молекулярная динамика).
4) Генотип–фенотипная корреляция и клиническая работa
- Сопоставить клинические проявления пациента с известными фенотипами данного канала (электро-физиология, неврология, кардиология и т.д.).
- Оценка семейной сегрегации: соответствует ли вариация клиническому наследованию.
5) Классификация патогенности (ACMG/AMP)
- Применить критерии ACMG/AMP с учётом специфики каналов (например, сильные функциональные доказательства PVS/PS/PM/PP).
6) Функциональные исследования (обязательны при неопределённости)
- Экспрессия в гетерологичной системе (HEK293, CHO) или Xenopus oocytes; измерения пэтч‑кламп (ток‑амплитуда, V1/2 активации/инактивации, кинетика): пример модели болцмана для кривой активации
$$I(V)=\frac{I_{\max }}{1+\exp \left(\frac{V_{1/2}-V}{k}\right)}$$
- Оценить: потеря функции (LOF), усиление функции (GOF), dominant‑negative эффект, изменение проводимости или экспрессии на мембране (вестерн/иммунофлуоресценция).
- При необходимости iPSC‑кардиомиоциты/нейроны от пациента или in vivo моделирование (мыши, рыбки‑зебра).
7) Интерпретация результатов и выбор терапии
- Если LOF: рассмотреть усилители канала/агонисты, заместительную терапию (ген замещение), либо повышение экспрессии оставшейся аллели.
- Если GOF: рассмотреть блокаторы/антагонисты канала, аллельно‑специфическое снижение (ASO, siRNA), или малые молекулы, корректирующие gating.
- При dominant‑negative: аллельно‑специфическое выключение мутантной аллели + замещение дикой копией.
- Конкретные варианты: репозиционирование одобренных блокаторов/модуляторов канала; ASO/siRNA для специфичного снижения мРНК; AAV‑зависимое генно‑замещающее лечение; CRISPR‑редактирование/бейс‑редактирование — в исследовательских/клинических пробах.
8) Безопасность и клиническое наблюдение
- Поддерживающая терапия симптомов (напр., контроль аритмий, судорог).
- Избегать медикаментов, усугубляющих дефект канала (проверить лекарственные противопоказания для данной каналоопатии).
- Мониторинг эффективности и побочных эффектов (ЭКГ, ЭЭГ, лаборатории).
9) Документирование и консультации
- Отчёт с классификацией варианта, данными функциональных тестов и рекомендациями для клинициста.
- Генетическое консультирование для пациента/семьи; обсуждение участия в клинических испытаниях.
10) Командная работа и последовательность действий (рекомендовано)
- Сначала: валидация → аннотация и клиническая корреляция → семейная генетика.
- Параллельно или затем: при неопределённости — функциональные тесты.
- На основе результата — подбор терапевтической стратегии и клиническая реализация.
Если нужен конкретный план для данного варианта (какие предсказатели, какие шаблоны экспрессии, какие возможные препараты), пришлите: ген, точную нотацию варианта и фенотип пациента — подготовлю целевой алгоритм действий.