Отличие большое: в первую очередь потому что лишайник считается отдельным организмом, а микориза явление, основанное на симбиозе гриба и высшего растения. Лишайник представляет собой тесное совместное существование некоторых видов грибов и синезеленых водорослей, и он рассматривается как отдельный вид. Микориза это способ совместного существования гриба и высшего растения, когда мицелий гриба прорастает в корневую систему растения.