Многоклеточные водоросли обитают в различных водных средах, таких как пресные и соленые озера, реки, океаны, моря и водопады. Они могут также произрастать на скалах, песке, кораллах и других поверхностях под водой. Важным фактором для обитания водорослей является наличие света, необходимого для фотосинтеза. Большинство видов водорослей предпочитают теплые или умеренные воды и не выдерживают крайних условий, например, высокой солености или температур.