Y-хромосомы отличаются от X-хромосом тем, что они не содержат такого количества генов, как X-хромосомы. В частности, Y-хромосомы не содержат генов, ответственных за развитие яичек и другие женские характеристики. Кроме того, Y-хромосомы не участвуют в механизмах гомологичной рекомбинации, которые характерны для X-хромосом.