Фосфатная буферная система действует в цитоплазме, так как ионы фосфата (например, Н2РО4- и НРО4^2-) присутствуют в цитоплазме в больших количествах благодаря их образованию при гидролизе аденозинтрифосфата (АТФ) – основного источника энергии в клетке.

Когда pH в цитоплазме меняется, фосфатные ионы могут принять или отдать протоны, чтобы поддержать оптимальный уровень pH. Таким образом, фосфатная буферная система помогает регулировать pH внутри клетки и поддерживать оптимальные условия для ее функционирования.