Бактерії можуть мешкати у різних середовищах, таких як ґрунт, вода, повітря, тіло людини та тварин, а також у різних органічних матеріалах. Наприклад, деякі бактерії можуть жити в глибоких шарах ґрунту, інші - у воді океану або річки, а ще інші - у шлунку тварин. Вони можуть бути присутні в різних умовах, таких як кислотність, температура та доступність поживних речовин.