Главное отличие голосеменных растений от покрытосеменных (цветковых) заключается в строении и месте размещения семени. В голосеменных растениях семена образуются на поверхности шишек, шишечек, шишковидных, бундуковидных и шаровидных цветочных долголетников либо на поверхности открытых стержнях, на кладодии, в зеленых частях. В покрытосеменных растениях семена образуются внутри плода.