Процес розщеплення вуглеводів відбувається в товстій кишці та тонкій кишці. У тонкій кишці відбувається основна частина розщеплення вуглеводів під дією таких ферментів, як лактаза, мальтаза, сахароза, ізомальтаза та альфа-амілаза. У товстій кишці деяка частина несхвалених вуглеводів під дією бактерій розщеплюється до кінцевих продуктів, таких як кислоти та гази.