Инфузории играют важную роль в экосистеме, так как они являются одним из основных звеньев в пищевой цепи. Они питаются бактериями, водорослями и другими мелкими организмами, а сами служат источником пищи для более крупных животных, таких как водоросли, личинки комаров, моллюски, некоторые виды рыб и пресмыкающиеся.

Инфузории также являются важными индикаторами качества воды: их наличие и обильие указывают на чистоту воды и наличие питательных веществ. Они также используются в биотестах для определения токсичности воды.

Таким образом, инфузории играют важную роль в поддержании баланса в водных экосистемах и являются неотъемлемой частью пищевой цепи, обеспечивая пищу для многих других животных.