Простейшие играют важную роль в природе и в жизни человека. Они являются основным звеном в пищевых цепях, представляя собой основу питания для более сложных организмов. Простейшие также выполняют функцию биологического очищения воды и почвы, участвуя в процессах разложения органических веществ.

Важную роль простейшие играют и в медицине – например, в важных биологических исследованиях, в производстве фармацевтических препаратов, применяемых в лечении различных заболеваний.

Простейшие также используются в пищевой промышленности и косметологии, а также в научных исследованиях для изучения биологических процессов и в технологических целях.