Строение вакуолей включает в себя мембрану, содержимое (цитоплазму), специализированные структуры (такие как тонопласт) и внутренние включения (например, сок вакуоль). Вакуоли обычно имеют полу-прозрачное или прозрачное содержимое, что делает их сложными для наблюдения при использовании светового микроскопа.

Для более детального изучения структуры вакуолей и их содержимого необходимо использовать электронный микроскоп, который может обеспечить более высокое разрешение и позволяет увидеть более мелкие детали. Таким образом, вакуоли могут быть рассмотрены при достаточно высоком увеличении с использованием соответствующего оборудования.