Мезодерма возникает в процессе развития эмбриона, во время гаструляции, когда трехзародышевые клетки разделяются на три герминативных слоя: эндодерму, мезодерму и эктодерму. Мезодерма появляется между эндодермой и эктодермой и играет ключевую роль в образовании структур организма, таких как мышцы, кости, кровеносные сосуды, почки и репродуктивные органы.