Правильно будет "The ship stands at sea".

В данном случае используется глагол "stands", который относится к третьему лицу единственного числа (ship), поэтому перед ним нужно использовать форму настоящего времени глагола для данного лица и числа - "stands". Артикль "the" используется перед существительным "ship", потому что это конкретное судно, которое уже упоминалось или известно в контексте.