Ускорение имеет знак минус в этом уравнении, потому что в данном случае направление ускорения противоположно направлению движения тела. Тело движется вверх, а ускорение направлено вниз, так как на него действует сила тяжести. Поэтому ускорение в данном случае будет отрицательным, чтобы учитывать противоположное направление движения.