Если протон увеличить до размеров арбуза, то атом будет размером примерно с Землю.

Выглядеть они не смогут никак. Т.к. размеры атомов много меньше (в тысячи раз) длин волн видимого света. Представьте себе шторм в море в 9 баллов. И бросьте в волну спичку. Изменится поведение волны? Вот так и атом не влияет на волны света, т. к. его размеры значительно малы.

Если же все же Вам удастся каким-либо образом увеличить размеры атома до арбуза (или Земли), Вы должны будете вспомнить, что они -- квантовомеханические объекты. А значит, к примеру, для них нельзя одновременно определить положение и импульс.

И это будет являться очень серьезной проблемой! Т.е. если Вы захотите, к примеру, его пощупать, то он должен будет занимать определенное место в пространстве. Но чем меньше это место (в пределе -- размер арбуза) он будет у Вас занимать, тем больше будет его импульс (т.е. скорость) вплоть до максимально возможной (скорости света).

Обратно. Остановив атом (нулевой импульс) Вы не сможете определить его местоположение, т.к. он будет занимать объем равной всей Вселенной.

А вот здесь и кроется ответ на Ваш вопрос. Как бы парадокально это не звучало.

А кто Вам сказал, что размер атома (без увеличения!) не может быть сопоставим с размером арбуза, Земли, Вселенной?

Оказывается может! 

Квантовомеханические частицы имеют очень необычные свойства для нас, наблюдателей из классического мира.

Поэтому ответ: атомы размером с арбуз бывают. Они "выглядят" как атомы. "Пощупать" их можно либо рентгеном пожестче , либо пропуская через него другие частицы.