В основе действия медицинской пипетки лежит принцип аспирации, что означает создание разности давлений между воздушной и жидкой фазами для перемещения жидкости через тонкий носик пипетки. Обычно это достигается путем создания подконтрольного объема жидкости в пипетке, после чего плавно уменьшается объем воздуха внутри пипетки, что приводит к наполнению пипетки жидкостью.