Это происходит из-за инерции. Когда маятник выведен из положения равновесия, на него действует сила, направленная к этому положению, которая заставляет его двигаться в этом направлении. Даже когда маятник достигает точки равновесия, он все еще обладает инерцией движения, пока сила не перевесит эту инерцию и не заставит его менять направление движения.