Хотя на внешнем слое марганца действительно находятся два электрона s-подуровня $4s2$, элемент марганец $Mn$ в атоме имеет общую конфигурацию 3d5 4s2. Это означает, что у марганца в атоме на самом деле наоборот, пятерка электронов d-подуровня расположена глубже, чем два электрона s-подуровня. Поэтому мы обычно относим марганец к d-элементам, а не к s-элементам.