Проанализируйте роль АТФ в биохимических реакциях: как сопряжение невыгодных термодинамически процессов с гидролизом АТФ обеспечивает их протекание, и как это проявляется в изменениях ΔG°' и кинетики
Кратко и по существу — термодинамика и кинетика. 1) Термическое сопряжение (как это работает) - Для двух сопряжённых процессов A и гидролиза АТФ суммарное стандартное изменение свободной энергии равно сумме стандартных изменений: ΔGtot∘′=ΔGA∘′+ΔGATP hydrolysis∘′\Delta G^{\circ\prime}_{\rm tot}=\Delta G^{\circ\prime}_{\rm A}+\Delta G^{\circ\prime}_{\rm ATP\ hydrolysis}ΔGtot∘′=ΔGA∘′+ΔGATPhydrolysis∘′. - Соответственно, константа равновесия суммарной реакции равна произведению: Ktot=KA⋅KATPK_{\rm tot}=K_{\rm A}\cdot K_{\rm ATP}Ktot=KA⋅KATP. - Пример: если ΔGA∘′=+20 kJ/mol\Delta G^{\circ\prime}_{\rm A}=+20\ \text{kJ/mol}ΔGA∘′=+20kJ/mol и ΔGATP hydrolysis∘′=−30.5 kJ/mol\Delta G^{\circ\prime}_{\rm ATP\ hydrolysis}=-30.5\ \text{kJ/mol}ΔGATPhydrolysis∘′=−30.5kJ/mol, то ΔGtot∘′=−10.5 kJ/mol\Delta G^{\circ\prime}_{\rm tot}=-10.5\ \text{kJ/mol}ΔGtot∘′=−10.5kJ/mol — реакция становится спонтанной. - В клетке используют не стандартную, а реальную свободную энергию: ΔG=ΔG∘′+RTlnQ\Delta G=\Delta G^{\circ\prime}+RT\ln QΔG=ΔG∘′+RTlnQ. Для гидролиза АТФ реальное ΔG\Delta GΔG обычно гораздо более отрицательно, чем ΔG∘′\Delta G^{\circ\prime}ΔG∘′: ΔG≈−50 kJ/mol\Delta G\approx -50\ \text{kJ/mol}ΔG≈−50kJ/mol (в зависимости от соотношения [ATP]/[ADP][Pi][\mathrm{ATP}]/[\mathrm{ADP}][P_i][ATP]/[ADP][Pi]). 2) Механизм сопряжения (молекулярно) - Сопряжение обычно реализуется через общие промежуточные соединения (например, фосфорилирование субстрата или фермента), т.е. энергия от отщепления фосфата передаётся на образование более реакционноспособного промежуточного состояния. - Такой «активированный» субстрат имеет более благоприятную термодинамику для дальнейшей реакции или образует более хороший уходящий фрагмент, что делает последующий шаг спонтанным. 3) Влияние на кинетику - Термодинамика определяет направление и положение равновесия, но не скорости. Ферменты обеспечивают альтернативный путь реакции с меньшим энергетическим барьером (ΔG‡\Delta G^\ddaggerΔG‡). Скорость связана с барьером через уравнение Эйринга/Аррениуса: k=κkBThe−ΔG‡/RTk=\kappa\frac{k_BT}{h}e^{-\Delta G^\ddagger/RT}k=κhkBTe−ΔG‡/RT. - При сопряжении АТФ фермент обычно способствует образованию переходного состояния или стабильного промежуточного фосфорилированного комплекса, что снижает ΔG‡\Delta G^\ddaggerΔG‡ для целевой (ранее неблагоприятной) реакции и резко ускоряет её. - Важно: ферменты и сопряжение не меняют суммарного ΔG∘\Delta G^\circΔG∘ отдельной реакционной пары — они меняют путь и скорость достижения равновесия и позволяют системе двигаться к более благоприятному суммарному состоянию. 4) Практические примеры - Гексокиназа: фосфорилирование глюкозы делает дальнейшие метаболические шаги термодинамически выгодными и удерживает глюкозу в клетке. - Аминоациль-тРНК-синтетазы: активация аминокислоты (образование аминоацила-AMP) — пример использования энергии АТФ для образования высокоэнергетического промежуточного комплекса, необходимого для образования пептидной связи. Краткое резюме: сопряжение с гидролизом АТФ делает суммарную ΔG\Delta GΔG негативной через аддитивность ΔG∘′\Delta G^{\circ\prime}ΔG∘′, а ферменты и промежуточные фосфорилированные стадии снижают ΔG‡\Delta G^\ddaggerΔG‡, ускоряя протекание ранее невыгодных реакций.
1) Термическое сопряжение (как это работает)
- Для двух сопряжённых процессов A и гидролиза АТФ суммарное стандартное изменение свободной энергии равно сумме стандартных изменений: ΔGtot∘′=ΔGA∘′+ΔGATP hydrolysis∘′\Delta G^{\circ\prime}_{\rm tot}=\Delta G^{\circ\prime}_{\rm A}+\Delta G^{\circ\prime}_{\rm ATP\ hydrolysis}ΔGtot∘′ =ΔGA∘′ +ΔGATP hydrolysis∘′ .
- Соответственно, константа равновесия суммарной реакции равна произведению: Ktot=KA⋅KATPK_{\rm tot}=K_{\rm A}\cdot K_{\rm ATP}Ktot =KA ⋅KATP .
- Пример: если ΔGA∘′=+20 kJ/mol\Delta G^{\circ\prime}_{\rm A}=+20\ \text{kJ/mol}ΔGA∘′ =+20 kJ/mol и ΔGATP hydrolysis∘′=−30.5 kJ/mol\Delta G^{\circ\prime}_{\rm ATP\ hydrolysis}=-30.5\ \text{kJ/mol}ΔGATP hydrolysis∘′ =−30.5 kJ/mol, то ΔGtot∘′=−10.5 kJ/mol\Delta G^{\circ\prime}_{\rm tot}=-10.5\ \text{kJ/mol}ΔGtot∘′ =−10.5 kJ/mol — реакция становится спонтанной.
- В клетке используют не стандартную, а реальную свободную энергию: ΔG=ΔG∘′+RTlnQ\Delta G=\Delta G^{\circ\prime}+RT\ln QΔG=ΔG∘′+RTlnQ. Для гидролиза АТФ реальное ΔG\Delta GΔG обычно гораздо более отрицательно, чем ΔG∘′\Delta G^{\circ\prime}ΔG∘′: ΔG≈−50 kJ/mol\Delta G\approx -50\ \text{kJ/mol}ΔG≈−50 kJ/mol (в зависимости от соотношения [ATP]/[ADP][Pi][\mathrm{ATP}]/[\mathrm{ADP}][P_i][ATP]/[ADP][Pi ]).
2) Механизм сопряжения (молекулярно)
- Сопряжение обычно реализуется через общие промежуточные соединения (например, фосфорилирование субстрата или фермента), т.е. энергия от отщепления фосфата передаётся на образование более реакционноспособного промежуточного состояния.
- Такой «активированный» субстрат имеет более благоприятную термодинамику для дальнейшей реакции или образует более хороший уходящий фрагмент, что делает последующий шаг спонтанным.
3) Влияние на кинетику
- Термодинамика определяет направление и положение равновесия, но не скорости. Ферменты обеспечивают альтернативный путь реакции с меньшим энергетическим барьером (ΔG‡\Delta G^\ddaggerΔG‡). Скорость связана с барьером через уравнение Эйринга/Аррениуса: k=κkBThe−ΔG‡/RTk=\kappa\frac{k_BT}{h}e^{-\Delta G^\ddagger/RT}k=κhkB T e−ΔG‡/RT.
- При сопряжении АТФ фермент обычно способствует образованию переходного состояния или стабильного промежуточного фосфорилированного комплекса, что снижает ΔG‡\Delta G^\ddaggerΔG‡ для целевой (ранее неблагоприятной) реакции и резко ускоряет её.
- Важно: ферменты и сопряжение не меняют суммарного ΔG∘\Delta G^\circΔG∘ отдельной реакционной пары — они меняют путь и скорость достижения равновесия и позволяют системе двигаться к более благоприятному суммарному состоянию.
4) Практические примеры
- Гексокиназа: фосфорилирование глюкозы делает дальнейшие метаболические шаги термодинамически выгодными и удерживает глюкозу в клетке.
- Аминоациль-тРНК-синтетазы: активация аминокислоты (образование аминоацила-AMP) — пример использования энергии АТФ для образования высокоэнергетического промежуточного комплекса, необходимого для образования пептидной связи.
Краткое резюме: сопряжение с гидролизом АТФ делает суммарную ΔG\Delta GΔG негативной через аддитивность ΔG∘′\Delta G^{\circ\prime}ΔG∘′, а ферменты и промежуточные фосфорилированные стадии снижают ΔG‡\Delta G^\ddaggerΔG‡, ускоряя протекание ранее невыгодных реакций.