Для алкінів характерні такі види ізомерії:

Лінійна ізомерія: алкіни можуть мати різну довжину вуглеводневого ланцюга.Цис-транс ізомерія: деякі алкіни можуть мати два атоми водню або функціональні групи, які можуть перебувати по різні боки від двойної зв'язку (цис-конформація) або по протилежні сторони (транс-конформація).Огранічення огранічестереоізомерія: деякі алкіни мають можливість утворювати спиралевидні структури, які можуть мати різну просторову орієнтацію.Функціональна ізомерія: алкіни можуть мати різні функціональні групи, що призводить до утворення різних сполук з різними властивостями.