Одним из основных недостатков программы "Окна в Европу" при Петре Первом было то, что она была доступна только ограниченному кругу людей – аристократии и высшему духовенству. Это ограничение препятствовало распространению западных знаний и технологий среди широких слоев населения, что могло бы способствовать более быстрому развитию страны.

Также следует отметить, что программу "Окна в Европу" критиковали за излишнюю имитацию западных обычаев и норм, без достаточного учета и адаптации к российской культуре и традициям. Это могло вызвать недовольство среди населения и привести к конфликтам.

Кроме того, часть русского общества считала, что "Окна в Европу" принесли с собой иностранные влияния, которые угрожали исконным ценностям и идентичности России. Такие опасения могли повлиять на общественное мнение и стать препятствием для успешной реализации программы.

Таким образом, основные проблемы и недостатки программы "Окна в Европу" при Петре Первом можно свести к ограниченной доступности для широких слоев населения, недостаточной адаптации к российской культуре и возможным общественным реакциям на иностранные влияния.