Иван III назначил нового главу Новгорода - князя Василия Шуйского, который был назначен императором и был его наместником в Новгороде. Он расформировал Новгородскую думу, а также отстранил от власти старшие дворянские роды, что привело к уменьшению автономии в городе.Иван III также казнил ряд влиятельных новгородцев, считавшихся возможной угрозой для его власти.Было установлено строгое централизованное управление в Новгороде, чтобы подчинить город московскому князю и укрепить его влияние на северо-западе Руси.