Исламская религия играла очень важную роль в караханидском государстве. Она была официальной религией, и правители активно пропагандировали ислам среди населения. Мусульмане занимали высокие посты в правительстве и обществе, а исламские обычаи и законы были основой жизни в государстве. Тем не менее, существовали различные толкования и интерпретации ислама, что порождало разногласия и споры среди исламских ученых и правителей. Эти вопросы часто разрешались с помощью диспутов и советов ученых.