Городские восстания при Алексее Романове были связаны преимущественно с экономическими проблемами и усилением социального неравенства. Наиболее известными восстаниями были Московское восстание 1648 года, народные бунты в 1670-х годах и бунт Казаков под предводительством Степана Разина в 1670-1671 годах. Восстания были жестоко подавлены правительством, что привело к дальнейшему усилению репрессий и закрепощению крестьян.