Тема фільма "Чорнильне серце" полягає в протистоянні світла і темряви, добра і зла, любові і ненависті. Головний герой, який володіє здатністю керувати часом і простором за допомогою своїх інженерних здібностей, змушений обрати між використанням своїх здібностей для добрих цілей або для власної вигоди. Він вступає в сутичку зі злом і впливає на хід подій, щоб знищити темну силу, яка шкодить його близьким та світу навколо нього. Фільм показує, що в кожній людині є як світло, так і темрява, і вибір, який ми робимо, визначає наше майбутнє.