Да, Java обычно значительно быстрее Питона в математических вычислениях. Оценка в раз на 5000 может быть даже недооценкой, в зависимости от конкретной задачи и способа реализации. Обычно Java работает значительно быстрее благодаря своей статической типизации и компиляции в машинный код, в то время как Питон - интерпретируемый язык.