Запятая в предложении "Казнить нельзя помиловать" ставится между словами "казнить" и "нельзя": "Казнить, нельзя помиловать". В этом случае предложение означает, что казнить не следует — человека нужно помиловать. Если запятой не ставить, то смысл будет другим: "Казнить нельзя, помиловать" — это означает, что казнить все-таки нужно.