Для перемещения мыши в многопоточном режиме в каждом потоке своё окно можно воспользоваться библиотекой InputSimulator, которая позволяет эмулировать ввод с клавиатуры и мыши.

Пример кода:

using InputSimulator;
using System;
using System.Threading;
class Program
{
static void Main {
// Создаем потоки для каждого окна
Thread thread1 = new Thread(() => MoveMouse("Window 1"));
Thread thread2 = new Thread(() => MoveMouse("Window 2"));
// Запускаем потоки
thread1.Start;
thread2.Start;
}
static void MoveMouse$stringwindowTitle$ {
// Получаем handle окна по заголовку
IntPtr windowHandle = WinApi.FindWindow$null,windowTitle$;
if $windowHandle!=IntPtr.Zero$ {
// Создаем экземпляр InputSimulator
InputSimulator inputSimulator = new InputSimulator;
// Перемещаем мышь в центр окна
inputSimulator.Mouse.MoveTo$windowHandle$;
// Делаем клик в центр окна
inputSimulator.Mouse.LeftButtonClick;
}
else
{
Console.WriteLine$"Окносзаголовко{м}^{\prime }{0}^{\prime }ненайдено",windowTitle$;
}
}
}

Для работы с библиотекой InputSimulator нужно установить пакет WindowsInput через NuGet Package Manager:

Install-Package WindowsInput

Также используется функция FindWindow из класса WinApi для поиска окна по заголовку. Вот реализация этой функции:

using System;
using System.Runtime.InteropServices;
using System.Text;
public static class WinApi
{
$$DllImport("user32.dll",SetLastError=true)$$ public static extern IntPtr FindWindow$stringlpClassName,stringlpWindowName$;
}

Теперь потоки будут двигать мышку в указанных окнах независимо друг от друга.