Слово "кофе" в русском языке является среднего рода (оно), согласно сложившимся языковым правилам. Также это среднего рода слово в других языках, например, в испанском (el café), французском (le café) и немецком (der Kaffee). Поэтому правильно использовать форму "оно" с этим словом.