Сложно дать однозначный ответ на этот вопрос, так как причина такого написания слов связана с историческими причинами и правилами русского языка. В основном, это зависит от происхождения слов и их корней.

Слова с буквами "жи" и "ча" являются представителями глагольных корней, которые образуются от глаголов на -жить и -чить. Суффиксом -и образуется инфинитив глагола и некоторые формы глагола. Поэтому, такие слова, как "жить" и "часть", пишутся с помощью букв "жи" и "ча".

С другой стороны, слова с буквами "ша" и "ща" являются представителями прилагательных и существительных, например "шар" и "щука". Суффиксы -а и -у прилагаются к корням, образуя прилагательные и существительные. Поэтому, такие слова, как "шар" и "щука", пишутся с помощью букв "ша" и "ща".

Таким образом, причина различия в написании этих букв связана с их функцией в словах и происхождением корней.