Это связано с морфологическими особенностями словообразования в русском языке.
Суффикс -енны в слове "племенной" образуется от прилагательного "племенный" за счет добавления к нему суффикса -ой, который обозначает принадлежность или отношение к чему-либо. При этом первый суффикс -ен образуется от корня слова "племя".
В слове "клюквенный" суффикс -ен образуется от корня "клюква", а суффикс -ный указывает на связь с чем-то, наличие чего-то в изобилии, в значительных количествах. Таким образом, словообразование в этих словах различается из-за разных корней и дополнительных суффиксов в слове "племенной".