Правильная форма — "будут выделены".

Объяснение: в данном предложении подлежащее — "две тысячи тонн удобрений и ядохимикатов", которое является множественным числом. Соответственно, необходимо использовать глагол в форме множественного числа ("будут выделены").

Таким образом, корректное предложение звучит так: "Хозяйству будут выделены две тысячи тонн удобрений и ядохимикатов."