Потому что здесь «не» — отрицательная частица, которая относится к словосочетанию «по себе» (предлог + местоимение) и не образует с ним одного слова. Правописание: «не» с предлогами и с сочетаниями «по + местоимение/существительное» пишется раздельно — «ему было не по себе» = «ему было нечувственно/ему было некомфортно».
Слитной формы «непо себе» в нормативном русском нет. Возможна только замена на односложное слово с «не» слитно, если такое слово есть по смыслу (альтернативы): «Ему было неспокойно», «Ему было неловко», «Он чувствовал себя плохо». Но именно «непо себе» как единое слово не соответствует орфографии и считается ошибкой.