Глубоководный - это прилагательное, образованное от слова "глубоководье", которое обозначает место, где вода очень глубокая. Поэтому данное слово пишется слитно, так как оно является производным от одного слова и обозначает особенность какого-то предмета или явления (в данном случае - воды) - глубоководность.