Нет, "яко" и "аки" действительно имеют общее происхождение, поэтому утверждать, что они отличаются только позицией йота в слове не совсем корректно. Оба эти слова являются древними союзами в русском языке и имеют славянские корни. "Яко" образовано от древнерусского "якъ", который в свою очередь происходит от древнеславянского "jako", что означает "как". "Аки" также имеет славянские корни и происходит от древнерусского "акъ", также означавшего "как". Таким образом, можно сказать, что "аки" и "яко" это разные формы одного и того же слова, которое со временем изменило свою форму в зависимости от диалекта и периода русского языка.