Слово "снабдить" не образовано от глагола "бдеть", а является самостоятельным словом с собственным корнем. Оно происходит от древнерусского слова "снабъ" или "снабдити", что означает "приобретать, организовывать запасы". Поэтому окончание на "-ить" в данном случае связано с происхождением слова, а не с глаголом "бдеть".