Это связано с различием в происхождении этих слов. Прилагательное "меридиональный" происходит от латинского слова "meridionalis", а существительное "меридиан" - от латинского "meridianus". В таком случае изменения в написании букв объясняются сохранением оригинального написания и произношения в каждом из слов.