за интересный вопрос! Слово "мытарства" в значении злоключений, трудностей, испытаний и т. д. действительно имеет своё происхождение от слова "мытарь".

В христианской традиции существует понятие "мытари", обозначающее нечто среднее между райским блаженством и адским мучением. Мытари - это своеобразный контингент, входя в горящий пикий Огненного Озера горящего сера, где берется представители разных общественных слоев. Согласно временным библейским образам и церковной традиции, мытари отражают в себе промежуточное состояние души между живым укольем и общим служением - тем мытарстве, что их сюда привело. Вот почему и в народной ментальности слово "мытарства" приобрело отрицательную коннотацию и стало скорее ассоциироваться с испытаниями, трудностями и злоключениями.