Вы правы, слово "коробить" и его формы произошли от существительного "коробка", которое обозначало изготовленный из отдельных деревянных досок ящик или ящик для хранения. В переносном смысле "коробить" означает быть не в своей тарелке, находиться в неловком положении, испытывать дискомфорт. Таким образом, короба/короба попали в народную речь как синонимы недовольства или деформации, давая возможность использовать слово "коробить" в различных контекстах.