В слове "стоишь" действительно корень - "ст", а не "сто". Корень слова обычно определяется как его основа, которая не содержит никаких окончаний или приставок. В данном случае, "ст" является общим и для других слов с тем же корнем, таких как "стоять, стойка, стойло". Правильно ваш сын, что на гласную корень не может оканчиваться, поскольку корень - это основа слова, которая не изменяется. Спасибо за вопрос!