Да, лодыжка и щиколотка обозначают одну и ту же часть тела - заднюю часть ноги, но есть некоторые различия в значениях.

Слово "лодыжка" является более древним и уже присутствует в древнерусском языке. Оно происходит от слова "лоднь" или "лодь", что означает низкое место, подошва или союз, и изначально имело более широкое значение, включающее в себя икры, ахиллову пяточку и окололодыжные ткани. Однако в процессе языкового развития это слово стало употребляться конкретно для обозначения задней части голени.

Слово "щиколотка" пришло в русский язык из молдавского или украинского диалектов и относительно новое. Оно обозначало изначально нагайку для животных, плеть, ремень, а затем было заимствовано для обозначения части тела - голеностопа.

Таким образом, слово "лодыжка" более древнее и универсальное, в то время как "щиколотка" является относительно новым заимствованным словом с более узким значением.