Это объясняется историческим развитием языка. В русском языке существует правило орфографии, согласно которому после корня на месте ударной гласной может быть написанно две буквы "н". Слово "длинный" образовано от прилагательного "длинный", в котором корнем является слово "длина" и ударение падает на гласную "и". Поэтому в форме прилагательного в корне сохраняется две буквы "н".