Оба вопроса можно использовать, в зависимости от контекста.

"Что делает?" - этот вопрос задается о чем-то конкретном, что совершает какие-то действия. Например, "Что делает машина?" - можно ответить, что машина едет.

"Что делается?" - этот вопрос чаще используется, когда речь идет о процессе или о том, что кто-то или что-то находится в процессе выполнения действия. Например, "Что делается на кухне?" - можно ответить, что готовится ужин.

Таким образом, "что делает" более употребим в вопросах о действиях, а "что делается" - в вопросах о процессах.