Вода - корень, обозначающий жидкость, в данном случае - воду

Ворот - корень, обозначающий вращение, оборот, поток

Следовательно, словообразовательно слово "водоворот" образовано путем объединения корней "вода" и "ворот", обозначающих вращение и оборот воды.